Dein Gerätesatz ist eine kleine Grundausstattung, aber wenn du wirklich organisch-präparativ arbeiten willst, fehlen noch einige (auch teure) Dinge. Schau dir mal Lehrbücher wie das Organikum an, da gibt es ein Kapitel zu Laborgeräten und in den Vorschriften ist ja auch beschrieben, was man braucht. Wenn du ein Haus bauen willst, beschaffst du die Materialien ja auch nach Bedarf, und kaufst nicht erst mal alles wild ein, um dann hinterher zu schauen, was man vielleicht damit machen kann.
Nimm dir für den Anfang mal nicht zu viel vor: für die quantitative Bestimmung von Naturstoffen brauchst du realistischerweise eine leistungsfähige HPLC oder zumindest mal ein UV/Vis-Spektrometer, das ist normalerweise nichts für den Heimgebrauch (gebrauchte, halbdefekte Systeme für wenige tausend Euro machen keinen Spaß und neue Systeme repräsentieren mindestens den Gegenwert eines Kleinwagens, irgendwo bei 20.000 bis 30.000 EUR aufwärts, plus Betriebskosten: Lösungsmittel, Säulen, Zeit für die Methodenentwicklung etc.) - vielleicht lässt sich das ein oder andere auch volumetrisch machen, aber bei Naturstoffen, die in Mengen < 0,5% oder noch weniger in Pflanzen vorhanden sind, muss man für verlässliche quantitative Aussagen schon einigen Aufwand betreiben. DC etc. trifft nur quantitative Aussagen, und ohne Referenzsubstanzen ist das alles auch nur relativ. (Ja, es gibt quantitative DC, aber das ist ebenfalls kaum für die Heimanwendung geeignet).
Extrakte herstellen bzw. Inhaltsstoffe aus Pflanzen anzureichern lässt sich noch relativ einfach machen, wenn du wirklich Reinstoffe isolieren willst, wirst du um chromatographische Methoden (Säulenchromatographie) oder je nach Naturstoff zumindest nicht um diverse Extraktionstechniken und Kristallisationsmethoden herum kommen. Aufgrund des oftmals niedrigen Gehaltes an Naturstoffen brauchst du auch entsprechende Mengen Pflanzenmaterial, damit verbunden ein hoher Bedarf an Lösungsmitteln, später für die SC Säulenmaterial und noch mehr Lösungsmittel. Auf der LambdaSyn Hauptseite sind in ein paar Extraktionen von Naturstoffen beschrieben, die im Hobbylabor noch halbwegs machbar sind. Nach denen würde ich mich richten - ich möchte hier nicht den großen Macker raushängen lassen, aber ich arbeite hauptberuflich präparativ/naturstoffchemisch, und das ist mit hohem apparativem Aufwand verbunden und erfordert einiges an Durchhaltevermögen und Ideen, wenn man es richtig machen will. Wenn dich ein Naturstoff konkret interessiert, such dir vorher möglichst Literatur dazu. Bestimmte Moleküle können recht anfällig gegenüber den harschen Einflüssen eines ungeübten Hobbychemikers sein: Licht, Luft, Sauerstoff, hydrolytische Bedingungen etc.
Allgemeine Aussagen sind hier aber auch schwierig, dafür gibt es einfach zu viele Naturstoffe, als dass man mit einer pauschalen Aussage alles erschlägt.
Alkaloide und andere Naturstoffe können giftig oder anderweitig physiologisch aktiv sein. Bitte vorher informieren, auch was z.B. die Aufnahme über die Haut angeht.
Mit Diethylester meinst du vermutlich Diethylether? Das Zeug brennt/verpufft wunderbar, bildet Peroxide und kann auch sonst recht wenig angenehm sein. Gerade Ether-Verpuffungen haben schon den ein oder anderen Doktoranden (!) der Chemie das Leben gekostet. Versteh mich nicht falsch, aber wenn du dir schon mit den theoretischen Begrifflichkeiten unsicher bist, ist Diethylether vielleicht nicht der richtige Einstieg? Versuch doch mal eine Veresterung, z.B. Ethanol und Essigsäure. Ethylacetat ist auch ein wertvolles Lösungsmittel.
Destillation und Fraktionierte Destillation (im Vakuum) sind in Lehrbüchern wunderbar erklärt. Für letzteres brauchst du eine Vakuumpumpe, ein Ölbad oder andere Heizquelle, eine Kolonne, Dampfteiler etc. Das ist alles teures Equipment, und nicht unbedingt heimtauglich. Je nach Budget, dass dir zur Verfügung steht. Mit einer Destillation mit Liebigkühler ohne Kolonne kannst du nur Verbindungen destillativ trennen, deren Siedepunkte sehr weit auseinander liegen. Beschäftige dich mal mit den theoretischen Grundlagen der Destillation, vor allem der fraktionierten Destillation im Vakuum, um das Wie und Warum zu verstehen. Fraktionierte Destillation ist auch eine Wissenschaft für sich.
Generell solltest du dir auch Gedanken zum Thema Brandschutz, Lagerung von Gefahrstoffen und Entsorgung machen. Das gilt auch für Laborabluft etc.