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Autor Thema: Aufnahme von Synthesevorschriften in den statischen Teil von Lambdasyn  (Gelesen 51694 mal)

Heuteufel

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Re: Aufnahme von Synthesevorschriften in den statischen Teil von Lambdasyn
« Antwort #15 am: 04. Dezember 2011, 23:25:39 »
So, ich hab mal probiert, aber ich glaube, ich habe das mit der "stylevorlage" nicht ganz kapiert ::-). Wenn ich die Datei öffne, so erscheinen einige Strukturformeln und Mechanismen. Diese habe ich mal gelöscht und dann selbst was gezeichnet. Das kam dabei heraus (screenshot):

* MeldrumsAure Problem.PNG (146.64 KB . 1024x773 - angeschaut 433 Mal)
Irgendwie zu groß, und ob der "Style" stimmt, weiss ich auch nicht sicher.[???]

Wenn mal jemand Zeit hat, sich das Ganze anzuschauen...es eilt auch nicht ;-)

Kann aber auch sein, dass ich irgendeine Dummheit gemacht habe; es ist schon recht spät. Also, bitte nachsichtig sein. :-)
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Re: Aufnahme von Synthesevorschriften in den statischen Teil von Lambdasyn
« Antwort #16 am: 05. Dezember 2011, 22:44:53 »
So, ich hab mal probiert, aber ich glaube, ich habe das mit der "stylevorlage" nicht ganz kapiert ::-). Wenn ich die Datei öffne, so erscheinen einige Strukturformeln und Mechanismen. Diese habe ich mal gelöscht und dann selbst was gezeichnet. Das kam dabei heraus (screenshot):

Irgendwie zu groß, und ob der "Style" stimmt, weiss ich auch nicht sicher.[???]

Wenn mal jemand Zeit hat, sich das Ganze anzuschauen...es eilt auch nicht ;-)

Kann aber auch sein, dass ich irgendeine Dummheit gemacht habe; es ist schon recht spät. Also, bitte nachsichtig sein. :-)

Alle neu gezeichneten Moleküle im Sytlevorlagen-Dokument haben die gleiche Buchstabengrößen, Molekülabstände, Schriftart usw. wie die im LambdaSyn-Projekt. Wenn Du dort eine Formel hinein kopierst, fragt Dich Chemdraw, ob diese neugezeichnet werden soll. Dies ist zu bejahen, sonst kopierst Du einen anderen Stil in das Dokument.

Markier nochmal alle Deine Formeln und kopiere sie in das originale CDX-Dokument. Er fragt irgendetwas mit redraw. „Yes“ als Antwort sollte zu einer deutlicheren Verkleinerung führen.

Schick mir das CDX-File, falls Du weiterhin Probleme haben solltest.
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Heuteufel

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Re: Aufnahme von Synthesevorschriften in den statischen Teil von Lambdasyn
« Antwort #17 am: 19. Februar 2012, 20:57:32 »
Neuer Versuch. Alles gelöscht, und nochmal von vorne angefangen - da hat dann alles geklappt. :-D

Hier schon mal ein Screenshot:

* MeldrumsAure Screenshot.PNG (80.38 KB . 878x844 - angeschaut 392 Mal)

Hier das Ganze als .txt (klappt das hier auch noch? [denk]):
* meldrumsaeure - Kopie.txt (5.84 KB - runtergeladen 232 Mal)

Und hier die gezippte html-Datei (da gab es ja vorher irgendwie Probleme damit):
* meldrumsaeure.zip (2.53 KB - runtergeladen 205 Mal)
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Re: Aufnahme von Synthesevorschriften in den statischen Teil von Lambdasyn
« Antwort #18 am: 20. Februar 2012, 21:34:14 »
Neuer Versuch. Alles gelöscht, und nochmal von vorne angefangen - da hat dann alles geklappt. :-D

Sehr gut, ich bin begeistert! Wenn Du noch den Mechanismus als Datei postest, kann ich die Synthese so auf die Hauptseite stellen. Die Fotos kann ich Dir einbauen.

Irgendwie scheint es ein Problem mit Deinem ZIP-Programm zu geben. Kannst wenigstens Du selbst die ZIP-Datei in Deinem Beitrag fehlerfrei entpacken? Ich nicht :-\

Zum HTML-Code. Erstmal Gratulation, dass Du es so gut hingekommen hast. Einige Dinge sind mir aufgefallen: im Textteil mit den Anmerkungen hast Du Dich eines nicht konformen Tricks bedient :-D und die Absätze mit </p> getrennt. Du hast somit mehr Textabsätze mit </p> geschlossen, als Du überhaupt mit <p> geöffnet hast. Ich bediene mich dabei immer zweier Zeilenumbrüche <br><br> um dasselbe zu erreichen (korrektes abwechselndes <p></p> würde ich hier nicht empfehlen). Nur ein Detail, aber möglichst fehlerfreier Code ist mir wichtig und macht sich bezahlt (verschiedene Browser oder Anzeigegeräte machen bei unsauberem Code Probleme).
Es ist empfehlenswert interne Verknüpfungen relativ und nicht absolut anzugeben. Also nicht <a href="http://www.lambdasyn.org/synfiles/aceton.htm">..</a>, sondern <a href="aceton.htm">..</a>. Das hat den Vorteil, dass unsere Backups auch auf den Rechner der Benutzer funktionieren oder wir im Notfall sogar ganz leicht die Domain ändern könnten.
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Bitte um Entschuldigung für die verspätete Antwort. Ich war leider bis vor kurzem so beschäftigt, dass das irgendwie in dem ganzen Durcheinander untergegangen ist. Jetzt habe ich aber für ein paar Wochen mehr oder weniger frei. Da wird sich sicher Zeit für die ein oder andere Synthese finden. [extase]

Zitat
Wenn Du noch den Mechanismus als Datei postest, kann ich die Synthese so auf die Hauptseite stellen.
Hier: [ You are not allowed to view attachments ]  (hoffe ich hab jetzt das richtige hochgeladen :-\)

Zitat
Die Fotos kann ich Dir einbauen.
Danke! Ich freue mich natürlich über alles an Arbeit, was ich weniger habe, möchte aber doch anmerken, dass ich auch bereit bin die Fotos selbst einzufügen. Falls es aber irgend einen anderen Grund (ausser dem mir nicht noch mehr zuzumuten ;-)) gibt, weshalb du dich gegen ein drittes Tutorial für das Einfügen von Fotos entschieden hast (falls du überhaupt hast, und nicht nur aus Zeitgründen zu einem späteren Zeitpunkt erledigen willst), habe ich auch nichts dagegen einzuwenden.   

Zitat
Irgendwie scheint es ein Problem mit Deinem ZIP-Programm zu geben. Kannst wenigstens Du selbst die ZIP-Datei in Deinem Beitrag fehlerfrei entpacken? Ich nicht unentschlossen
Hmm, bei mir klappt alles (man muss (natürlich ::-)) die Datei in den Ordner "synfiles" verschieben, damit alles korrekt angezeigt wird). Kann es vielleicht daran liegen dass ich eine andere Version von Winzip habe als du. Ich werde vielleicht auch Winzip auf dem Computer, den ich gerade benutze installieren. Vielleicht klappt es ja dann damit. Wo liegt eigentlich genau bei dir das Problem?

Zitat
Zum HTML-Code. Erstmal Gratulation, dass Du es so gut hingekommen hast. Einige Dinge sind mir aufgefallen: im Textteil mit den Anmerkungen hast Du Dich eines nicht konformen Tricks bedient Cheesy und die Absätze mit </p> getrennt. Du hast somit mehr Textabsätze mit </p> geschlossen, als Du überhaupt mit <p> geöffnet hast. Ich bediene mich dabei immer zweier Zeilenumbrüche <br><br> um dasselbe zu erreichen (korrektes abwechselndes <p></p> würde ich hier nicht empfehlen). Nur ein Detail, aber möglichst fehlerfreier Code ist mir wichtig und macht sich bezahlt (verschiedene Browser oder Anzeigegeräte machen bei unsauberem Code Probleme).
Es ist empfehlenswert interne Verknüpfungen relativ und nicht absolut anzugeben. Also nicht <a href="http://www.lambdasyn.org/synfiles/aceton.htm">..</a>, sondern <a href="aceton.htm">..</a>. Das hat den Vorteil, dass unsere Backups auch auf den Rechner der Benutzer funktionieren oder wir im Notfall sogar ganz leicht die Domain ändern könnten.
Ok, werde ich in Zukunft berücksichtigen. Ich nehme an, du hast das sowieso längst schon korrigiert, und es macht keinen Sinn, dass ich die korrigierte Datein nochmals hochlade. ;-)
 
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Bitte um Entschuldigung für die verspätete Antwort. Ich war leider bis vor kurzem so beschäftigt, dass das irgendwie in dem ganzen Durcheinander untergegangen ist. Jetzt habe ich aber für ein paar Wochen mehr oder weniger frei. Da wird sich sicher Zeit für die ein oder andere Synthese finden. [extase]

Kein Problem. Ich fahre zurzeit auch samstags zur Arbeit, daher hatte auch ich nicht die Zeit den Thread weiter zu führen. Aber ich bin gespannt, was Du in Deiner Freizeit synthetisieren wirst. [dance]

(hoffe ich hab jetzt das richtige hochgeladen :-\)

Super, danke! Geht vielleicht schon am Sonntag online. [daumenhoch]

Danke! Ich freue mich natürlich über alles an Arbeit, was ich weniger habe, möchte aber doch anmerken, dass ich auch bereit bin die Fotos selbst einzufügen. Falls es aber irgend einen anderen Grund (ausser dem mir nicht noch mehr zuzumuten ;-)) gibt, weshalb du dich gegen ein drittes Tutorial für das Einfügen von Fotos entschieden hast (falls du überhaupt hast, und nicht nur aus Zeitgründen zu einem späteren Zeitpunkt erledigen willst), habe ich auch nichts dagegen einzuwenden.   

Die Einstellung gefällt mir. Das Tutorial habe ich neben Zeitgründen auch deshalb nicht fertig gestellt, weil ich nach mehreren Anläufen die, von mir eher speziell gelöste, Bildbearbeitung samt Einbinden in HTML nicht schön generalisiert und verständlich beschreiben konnte. Ich werde dem Thema noch eine Chance geben, da offensichtlich Interesse besteht.

Kann es vielleicht daran liegen dass ich eine andere Version von Winzip habe als du. Ich werde vielleicht auch Winzip auf dem Computer, den ich gerade benutze installieren. Vielleicht klappt es ja dann damit. Wo liegt eigentlich genau bei dir das Problem?

Mit Winrar (beherrscht ja auch ZIP) konnte ich die Datei nicht entpacken. Fehlermeldung: Keine Datei zum Entpacken. Obwohl das Archiv geöffnet werden kann und der Name des Inhalts anzeigt wird (wie bei einem unvollständigem Archiv).

Ok, werde ich in Zukunft berücksichtigen. Ich nehme an, du hast das sowieso längst schon korrigiert, und es macht keinen Sinn, dass ich die korrigierte Datein nochmals hochlade. ;-)

Richtig, ich habe es schon korrigiert.
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Mit Winrar (beherrscht ja auch ZIP) konnte ich die Datei nicht entpacken. Fehlermeldung: Keine Datei zum Entpacken. Obwohl das Archiv geöffnet werden kann und der Name des Inhalts anzeigt wird (wie bei einem unvollständigem Archiv).
Ich hatte es damals auch getestet - das Archiv ist keine gültige ZIP-Datei - zumindest keine normale. Eventuell wurden beim Packen spezielle Optionen verwendet, sodass nur WinZIP selbst die Datei wieder entpacken kann, nicht aber andere Programme, die das normale ZIP-Format kennen.
Mein PGP-Schlüssel; Fingerprint: 7FAF A6DF 2554 B333 E87A 88A9 259F E617 B7F7 ED6E

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Heuteufel, Deine HTML-Datei der Synthese von Meldrumsäure ist nun online:

http://www.lambdasyn.org/synfiles/meldrumsaeure.htm

Sieht gut aus, Deine Arbeit!

Morgen trage ich sie in die Synthesenliste ein und erledige noch minimalen Feinschliff (geschützte Leerzeichen zwischen Zahlen und Einheiten, etc.).
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Sehr schön gemacht! [bounce]

Irgenwie sehen die Synthesen nach der Formatierung immer viel besser aus, als vorher. Sogar die Fotos sehen irgendwie schärfer aus... [???]
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Sehr schön gemacht! [bounce]

Irgenwie sehen die Synthesen nach der Formatierung immer viel besser aus, als vorher. Sogar die Fotos sehen irgendwie schärfer aus... [???]

Also nachgeschärft habe ich nicht :-). Das liegt wahrscheinlich daran, dass ich beim Einfügen des Logos und Erstellen der Thumbnails die Autokontrast-Funktion von Photoshop verwendet habe (also minimal höherer Kontrast).

Aber werktags komme ich nicht mehr dazu die Synthese in die Liste einzupflegen. Bin einfach zu müde :-\

Jetzt auch in der Synthesen-Liste, sodass es jeder und auch Google finden kann.
« Letzte Änderung: 28. März 2012, 21:28:18 von Mephisto »
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So, hier das Bleitetrachlorid:
txt. Datei: * bleitetrachlorid.txt (10.58 KB - runtergeladen 221 Mal)
Das kleine Bildchen:
* bleitetrachlorid graphik.png (1.29 KB . 69x63 - angeschaut 491 Mal)

Ich habe diesmal die Vorlage mit Fotos benutzt, in der Annahme, das würde Arbeit sparen - vielleicht ist es aber auch umgekehrt :-P. Um den Feinschliff (wahrscheinlich den Grossteil der Arbeit ;-)) muss sich dann noch Mephisto kümmern (es sei denn, ich erhalte weitere Anweisungen). Falls die Strukturformel irgendwie komisch aussieht: einfach nochmal zeichnen: Chem Draw will irgendwie mal wieder nicht, wie ich will.

Übrigens: Kann es sein, dass Iodtrichlorid nicht in der Liste der Synthesesammlung zu finden ist? [denk] ::-)

PS: Ums Cytisin werde ich mich noch (irgendwann mal) kümmern. Ich habe bis jetzt leider noch nicht den Weg in die Bibliothek gefunden... (also ich meine die Zeit-die Gelegenheit, ich weiss schon, wo ich hin muss :-D)
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Ich habe diesmal die Vorlage mit Fotos benutzt, in der Annahme, das würde Arbeit sparen - vielleicht ist es aber auch umgekehrt :-P. Um den Feinschliff (wahrscheinlich den Grossteil der Arbeit ;-)) muss sich dann noch Mephisto kümmern (es sei denn, ich erhalte weitere Anweisungen). Falls die Strukturformel irgendwie komisch aussieht: einfach nochmal zeichnen: Chem Draw will irgendwie mal wieder nicht, wie ich will.

Das sieht sehr sehr gut aus. Ich denke, da wird wenig Feinschliff nötig sein und eventuell kann ich die Datei am späten Abend schon online stellen.

Falls die Strukturformel irgendwie komisch aussieht: einfach nochmal zeichnen: Chem Draw will irgendwie mal wieder nicht, wie ich will.

Manchmal hat Chemdraw dieses Problem, dass bei Atomen mit zwei Buchstaben alle Bindungen nur zu einem Buchstaben führen. Wenn man mit dem Texttool die Atombezeichnung löscht und danach erneut eingibt, werden beide Buchstaben zentriert. Aber Du brauchst mir keine neue Struktur zu schicken – das schaffe ich in zwei Mausklicks.

Übrigens: Kann es sein, dass Iodtrichlorid nicht in der Liste der Synthesesammlung zu finden ist? [denk] ::-)

Ja, ich weiß, es steht auf meiner ToDo-Liste.
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Soweit bin ich erstmal fertig:

http://www.lambdasyn.org/synfiles/bleitetrachlorid.htm

Vielleicht kommen noch minimale Änderungen hinzu (die Bildbeschriftungen etwa). Die Synthesenliste aktualisiere ich ebenfalls morgen.

Traumhaft: bei so einer guten Vorarbeit geht es schnell.
« Letzte Änderung: 15. April 2012, 00:46:14 von Mephisto »
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Hallo,

Irgendwie habe ich Probleme mit der Chemdraw-Stylevorlage (schon wieder [autsch]). Folgendes Problem: ich habe 2 Versionen davon auf dem PC. Bei der einen sind die Formeln schön klein, bei der anderen grösser. Um das Problem zu beseitigen habe ich die Zip-Datei nochmals hochgeladen und entpackt: Die "frisch entpackte" Stylevorlage zeigt grosse Formeln an. Nun habe ich mir meine Datei zur Meldrumsäure nochmals angesehen: dort sind die Strukturformeln jetzt auch groß-wenn ich sie mit denen in der Synthesesammlung vergleiche zu groß! :-o
Ich habe irgendwie das Gefühl, dass Chemdraw den Style immer wieder umändert und sich nicht richtig an die Stylevorlage hält...

Aus diesem Grund wollte ich fragen, ob es nicht irgendeine alternative Lösung gibt, wie z.B. den Style manuell einzustellen und abzuspeichern, so dass man ihn später nur auswählen braucht (auch wenn diese alternative Lösung erstmal mit größerem Aufwand verbunden ist, wäre ich doch dafür, weil diese Stylevorlage raubt mir noch den letzten Nerv! ;-D). Ich habe mich aber ehrlich gesagt mangels Zeit nicht mit dem Programm beschäftigt (was das Festlegen des Styles angeht). Das Ganze eilt auch nicht, aber ich wollte nur mal melden, dass ich mit der Stylevorlage Probleme habe, die ich nicht richtig in den Griff bekomme (was durchaus auch an meinem Unverständnis un meiner Begriffsstutzigkeit in Sachen Informatik liegen kann ;-D).
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Ich habe ab dem 12. Mai wieder etwas Zeit für diesen Thread.

Ganz kurz: diese Vorlage sollte so funktionieren, dass Du eine Struktur in einer beliebigen Chemdraw-Datei zeichnen kannst und wenn Du sie in die Vorlage kopierst, ändert Chemdraw den Stil der Struktur automatisch ("redraw?"-> "yes").

Ansonsten kann ich die Struktur auch bei mir "umwandeln" wenn Du mir die Chemdraw-Datei schickst.

Prinzipiell ist es ein modifizierter ACS-Style. Der von der American Chemical Society etablierte Stil ist der verbreitetste bei Publikationen und wissenschaftlichen Arbeiten. Ich habe nur einige Parameter geändert, damit die Strukuren sich online in der Größe nicht von dem ursprünglichen Stil (gezeichnet mit einem alten Biorad-Programm) unterschieden.
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