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Autor Thema: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)  (Gelesen 21133 mal)

Mephisto

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SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« am: 10. Juni 2008, 00:50:27 »
Permanenter Link zu dieser Anleitung: http://forum.lambdasyn.org/index.php/topic,188.0.html

Gliederung:
•   Fall 1: Suche eines Stoffes und dessen mögliche Synthesen bei bekannter Struktur.
•   Fall 2: Suche eines Fachjournals und dessen Abstract bei gegebener Zitat-Quelle.
•   Fall 3: Suche einer Synthese bei gegebenem Edukt und Produkt.
•   Frage 1: Wie bekomme ich Zugang zum SciFinder?
•   Frage 2: Kann ich SciFinder auf meinem PC installieren?
•   Frage 3: Woher kommt die Datei site.prf?
•   Frage 4: Wie gelangt man in den IP-Bereich, um den SciFinder nutzen zu können?
•   Frage 5: Ich bin an einem PC im gültigen IP-Bereich, wie installiere ich den SciFinder?


Der SciFinder Scholar ist ein sehr mächtiges Recherche-Programm für alle chemierelevanten Bereiche. Aus dem chemischen Labor ist der SciFinder heute nicht mehr wegzudenken. Er vereinfacht den "Papierkram" mit ausführlichen Abstracts, also Zusammenfassungen von Fachjournal-Artikeln und direkten Links zu den Online-Journalen erheblich. Der SciFinder bietet Zugriff auf den gesamten Inhalt der Datenbanken CAplus (Chemical Abstracts), Registry (Substanzen), CASREACT (Reaktionsdatenbank) und einigen weiteren Datenbanken. Über den SciFinder erhält man somit Literaturhinweise zu Fachjournalen, Patenten, Monographien und Dissertationen. Die Datenbank wird täglich aktualisiert und wächst dabei jeweils um rund 3000 Abstracts und 11.000 Substanzen. Mit anderen Worten: praktisch keine Veröffentlichung in chemischen Fachjournalen bleibt dem SciFinder (bzw. CAplus) verborgen. Der folgende Text soll einen Überblick über Nutzung, Zugang und Installations-Voraussetzungen geben.


Nutzung zur Recherche

Neben der englischsprachigen Volltextsuche durch die gesamte Datenbank, die keine weiteren Kenntnisse als bei Suchmaschinen erfordert, gibt es auch spezielle Suchen nach Strukturen und Reaktionen auf die hier näher eingegangen wird. Die Ergebnisse sind qualitativ deutlich höher als bei Internetrecherchen. Zu viele Treffer können bequem weiter gefiltert werden.

Fall 1: Suche eines Stoffes und dessen mögliche Synthesen bei bekannter Struktur.

Angenommen wir möchten eine bestimmte Struktur synthetisieren und möchten wissen, ob es dazu schon beschriebene Syntheseverfahren in der Literatur gibt.

Dazu wählen wir im Startfenster New Task die Option Explore → und dann Chemical Structure unter Explore Substances.

Als nächstes erscheint das Fenster des integrierten chemischen Zeichenprogramms. Die Bedienung ist identisch wie bei allen gängigen Chemiezeichenprogrammen wie u.a. ChemDraw. Wir zeichnen beispielsweise die folgende Struktur, zu der wir gerne weitere Informationen hätten. Nach dem Zeichnen klicken wir auf Get Substances...


* sfsA01.png (54.71 KB . 829x801 - angeschaut 1380 Mal)
... und wählen eine exakte Suche (Exact search). Nebenbei: Man könnte auch nur einen Teil einer Struktur zeichnen und diese mit Substructure search in einer größeren Überstruktur suchen.


* sfsA02.png (42.41 KB . 829x635 - angeschaut 1253 Mal)
Nach wenigen Augenblicken erscheint die Ergebnisliste zu unserer Struktur. Neben der Verbindung, die wir suchen erscheinen auch exotische Addukte, Ionen, Radikale. Die Verbindung die uns interessiert finden wir am Ende der Liste. Zugleich hat sie auch die höchste Anzahl an Referenzen, was uns sagt, dass es sich um eine verbreitete Verbindung handelt, mit der sich schon viele Wissenschaftler beschäftigt haben.


* sfsA03.png (51.81 KB . 616x992 - angeschaut 1341 Mal)
Nun klicken wir auf das Mikroskop (siehe rote Markierung im folgenden Bild) und es erscheint ein Fenster mit den Stoffdaten der Verbindung. Unter anderem der CAS-Nummer, der Formel, allen bekannten Synonymen und experimentellen und errechneten Stoffeigenschaften (Schmelzpunkt, Siedepunkt, eventuell Links zu Spektren). Wie wir erfahren, handelt es sich bei der Struktur um Benzocain.


* sfsA04.png (110.91 KB . 974x992 - angeschaut 1293 Mal)
Als nächstes interessiert uns eine Synthese des Benzocains. Dazu klicken wir auf das A → B –Symbol und unter Reaction Roles das Product.


* sfsA05.png (56.94 KB . 616x992 - angeschaut 1304 Mal)
Das Ergebnis ist die Anzeige von 85 möglichen Synthesen. Die Synthesen werden mit einer Reaktionsgleichung und einigen wichtigen Details, wie Ausbeute, Temperatur, Druck, Katalysator usw. angezeigt (siehe folgendes Bild).


* sfsA06.png (61.24 KB . 616x992 - angeschaut 1268 Mal)
Über das Mikroskop-Symbol erhält man einen Abstracts des Artikels oder Patents aus dem die Synthese stammt und somit oft auch eine Kurzformulierung der Synthese selbst. Patente können über ein Dokument-Symbol direkt aufgerufen werden (es öffnet sich ein Browser-Fenster). Sofern ein Abonnement des Fachjournals aus dem die Synthese stammt zur Institution (von der aus man den SciFinder benutzt) besteht, so kann man auch direkt den jeweiligen Fachjournal-Artikel im Browser-Fenster betrachten. Ein Bild dazu befindet sich am Ende der Frage 3.



Fall 2: Suche eines Fachjournals und dessen Abstract (Zusammenfassung) bei gegebener Zitat-Quelle.

Wir haben als Quelle eines Zitats nur die Abkürzung "Kaslow, J. Am. Chem. Soc., 68, 1946, 644-647" und uns interessiert das Abstracts und der Zugang zu vollständigen Artikel

Dazu wählen wir im Startfenster New Task die Option Locate → und dann Bibliographic Information unter Locate Literature.


* sfsB01.png (18.16 KB . 428x337 - angeschaut 1200 Mal)
Im folgen Fenster gibt man den Namen des Autors, die Bezeichnung des Journals und das Publikationsjahr ein und bestätigt mi OK.


* sfsB02.png (18.11 KB . 544x383 - angeschaut 1196 Mal)
In der daraufhin erscheinenden Ergebnisliste sehen wir alle Publikationen von Kaslow aus dem Jahr 1946 im Journal of the American Chemical Society (JACS). Durch Anklicken des Mikroskop-Symbols erhalten wir eine Zusammenfassung des Artikels. Den vollständigen Artikel erhalten wir durch Anklicken des Dokument-Symbols (siehe Markierung im folgen Bild), sofern die jeweilige Institution einen vollen Zugriff durch ein Abonnement des Journals hat.


* sfsB03.png (49.03 KB . 616x361 - angeschaut 1232 Mal)


Fall 3: Suche einer Synthese bei gegebenem Edukt und Produkt.

Nehmen wir an, wir kennen unser gewünschtes Produkt und das Edukt, welches uns zur Verfügung steht, wissen aber nicht wie und mit welchen Reagenzien die Synthese abläuft.

Wir gehen wie in Frage 1 vor und wählen  im Startfenster New Task die Option Explore → und dann Chemical Structure. Im Zeichenfenster zeichnen wir die Strukturformelen des Edukts und des Produkts auf und zeichnen dazwischen einen Reaktionspfeil (im Menü links unten), sodass Reactant/Reagent und Product unter den Strukturen automatisch eingefügt werden. Als nächstes wählen wir Get Reactions.


* sfsC01.png (25.69 KB . 829x635 - angeschaut 1197 Mal)
Und variable only at the specified positions.


* sfsC02.png (40.82 KB . 829x635 - angeschaut 1159 Mal)
Die Suche liefert uns 5 mögliche Synthesen mit dem spezifizierten Edukt und Produkt. Wieder sehen wir die Darstellung der Ergebnisse als Reaktionsstrukturformeln mit Reagenzien und Reaktionsdetails. Wir wählen die letzte Synthese in der Liste und klicken auf den Link mit dem Journalnamen.


* sfsC03.png (57.09 KB . 616x992 - angeschaut 1223 Mal)
Es öffnet sich ein Browser-Fenster von ChemPort als Weiterleitung vom SciFinder zum Fachjournal-Artikel.


* sfsC04.png (77.13 KB . 749x1004 - angeschaut 1173 Mal)
Nach kurzem Warten erscheint der Volltext-Artikel als PDF-Dokument.


* sfsC05.png (191.53 KB . 1026x992 - angeschaut 1173 Mal)
Das funktioniert natürlich nur bei Journalen zu denen die jeweilige Institution einen Zugang hat (ebenfalls kontrolliert per IP-Adresse). Bei sehr exotischen, kleinen oder alten, nie nachträglich digitalisierten, Journalen wird man nach einem PDF-Dokument natürlich vergeblich suchen.



Fragen zum Zugang

Frage 1: Wie bekomme ich Zugang zum SciFinder?

Entweder über einen bestehenden Zugang z.B. an einem Rechner einer Universitätsbibliothek (das ist der einfachste Weg) oder durch Installation des Client-Programms bei der jedoch einige Voraussetzungen erfüllt sein müssen (weiter dazu Frage 2).
Universitätsbibliotheken sind meist öffentliche Gebäude, sodass jedem der Zutritt erlaubt ist. I.d.R. ist es so, dass wenn die Universität einen chemiebezogenen Fachbereich hat, auch ein Nutzungsvertrag für den CAS SciFinder vorliegt. In einem solchen Fall ist zuweilen in der jeweiligen Universitätsbibliothek an einigen Rechnern der SciFinder eingerichtet. Obwohl diese SciFinder-Zugänge nur für Studenten gedacht sind, sind sie vielfach öffentlich zugänglich. Auf welchen Rechner der SciFinder installiert ist und wo sich diese befinden, kann oft auf der Internetseite der Universitätsbibliothek in Erfahrung gebracht werden.


Der folgende Teil ist vornehmlich für Studenten interessant – insbesondere von Chemie und Pharmazie (bzw. ähnlichem).

Frage 2: Kann ich SciFinder auf meinem PC installieren?

Ja. Allerdings bedarf es für die Nutzung des SciFinders noch einer Lizenzdatei site.prf (die der jeweiligen Institution zugeordnet ist) und einer IP-Adresse aus deren IP-Bereich (siehe unten). Der SciFinder-Client an sich ist nutzlos ohne die site.prf und die IP-Adresse, sodass jedermann das SciFinder-Programm online herunterladen kann (40.3 MB).

ftp://ftp.bth.rwth-aachen.de/pub/cas/Windows/SFS2006.exe (RWTH Aachen)
ftp://ftp.vub.ac.be/pub/projects/bib_vub/SciFinder/Windows/SFS2006.exe (Universität Brüssel)
ftp://ftp.eng.auburn.edu/pub/sangagp/sfs2006.exe (Auburn University)


Frage 3: Woher kommt die Datei site.prf?

Jede Institution, wie Chemie-Institute der Universitäten oder Forschungsgesellschaften wie die Max-Planck-Gesellschaft, schließen mit der American Chemical Society einen Nutzungsvertrag über den SciFinder ab. Da diese Verträge recht kostspielig sind, werden meist nur 1-5 Zugänge geordert. Diese können auf beliebig viele Arbeitsplätze verteilt werden. Sofern die Anzahl der Nutzer die der Zugänge übersteigt, erhält man eine Fehlermeldung und muss warten bis ein Zugang wieder frei wird (deshalb immer sofort ausloggen, wenn man mit der Recherche fertig ist).
Der zuständige Administrator erstellt für den IP-Bereich der Instituts oder der Universität, zusammen mit den nur ihm zugänglichen Passwortdaten des Nutzungsvertrags, die verschlüsselte Datei site.prf. Jeder PC im besagten IP-Bereich kann mit der so erstellten site.prf den SciFinder nutzen. Es gibt nur eine site.prf die auf alle Arbeitsplätze kopiert wird.


Frage 4: Wie gelangt man in den IP-Bereich, um den SciFinder nutzen zu können?

Von zu Hause: mittels eines VPN-Zugangs (Virtual Private Network) über eine bestehende DSL-Verbindung oder früher auch per ISDN oder Analog-Modem zur jeweiligen Institution.
Vor Ort: per WLAN (Wireless Local Area Network) – falls dies angeboten wird, von allen Rechner die an das institutionseigene Netzwerk angeschlossen sind und bei Universitäten i.d.R. auch von Rechnern in der Universitätsbibliothek (auch wenn nicht auf allen der SciFinder-Client installiert ist).
Dies erfordert die Zugangsdaten für VPN, WLAN oder Netzwerk, die man als Student oder Mitarbeiter der jeweiligen Institution erhält. Lediglich in Universitätsbibliotheken gibt es oft frei zugängliche Rechner im gültigen IP-Bereich oder Netzwerkstecker, die keine Identifikation benötigen. Diese offenen Stellen werden wegen Missbrauchs (z.B. Filesharing) allerdings zunehmend geschlossen.


Frage 5: Ich bin an einem PC im gültigen IP-Bereich, wie installiere ich den SciFinder?

Das ist ganz einfach. Das folgende Vorgehen beschreibt die Installation unter Windows:


Der SciFinder kann nun gestartet werden.


* sfsD01.png (148.8 KB . 562x381 - angeschaut 1170 Mal)
Es reicht zwar aus die Datei site.prf von einem anderen PC im gleichen IP-Bereich (also von derselben Institution) zu kopieren, aber zuvor muss man dazu die Erlaubnis des Administrators einholen.

Zum Schluss noch ein Link zu den Neuerungen in SciFinder Scholar 2007: http://www.cas.org/products/sfacad/scholwhatsnew.html

SciFinder Scholar ist ein eingetragenes Warenzeichen der American Chemical Society.
« Letzte Änderung: 29. Juni 2008, 12:30:13 von Mephisto »
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Mephisto

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Re: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« Antwort #1 am: 10. Juni 2008, 00:56:14 »
^^ So, zwei Jahre nachdem ich mir das vorgenommen habe, schrieb ich nun gestern und vorgestern diesem Text zum Thema SciFinder :-). Ich habe mir die Mühe gemacht, weil ich weiß, dass die Verwendung solch eines professionellen Recherche-Programms die Hobby-Chemie ein riesen Stück voranbringen wird und vollkommen neue Qualitäten und Perspektiven mit sich bringt. Zumeist wird der SciFinder nur für Studenten zugänglich sein, aber ich hoffe die kollegiale Zusammenarbeit wird in den verschiedenen Foren Recherche-Anfragen für alle Hobby-Chemiker ermöglichen.

Als nächstes würde ich gerne dieselbe Anleitung für den MDL Beilstein Crossfire schreiben. Zuvor steht jedoch noch ein FAQ-Thread für das Forum hier an. Vielleicht dauert es diesmal keine zwei Jahre ::-) ;-)

Im Gegensatz zum SciFinder befasst sich Beilstein Crossfire nur mit Organik, sodass die komplette Anorganik fehlt (die dann im Gmelin zu finden wäre), aber besonders Grundstoffsynthesen aus dem beginnenden 20. Jahrhundert führen beim Beilstein zu wesentlich besseren Treffern als beim SciFinder, sodass sich dessen Verwendung ganz besonders im Bereich Grundstoffsynthese der Hobby-Chemie lohnt.
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sigurd

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Re: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« Antwort #2 am: 11. Oktober 2008, 14:05:40 »
Wunderbar, herzlichen Dank! Der SciFinder ist wirklich ein äusserst nützliches Programm. (Ich musste zwar etwas suchen bis ich endlich die site.prf-Datei meiner Uni gefunden hatte  ;-))

MfG

Mephisto

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Re: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« Antwort #3 am: 11. Oktober 2008, 16:09:49 »
Freut mich zu hören, sigurd. Danke fürs Feedback.
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Peter

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Re: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« Antwort #4 am: 11. Oktober 2008, 21:54:38 »
Wunderbar, herzlichen Dank! Der SciFinder ist wirklich ein äusserst nützliches Programm. (Ich musste zwar etwas suchen bis ich endlich die site.prf-Datei meiner Uni gefunden hatte  ;-))

Kannst du auch von Zuhause aus auf SciFinder zurückgreifen, indem du dich übers Internet im Intranet deiner Uni einlogst? Ich muss leider erst in die Bibliothek rennen, da bei uns der Scifinder nicht frei im Intranet zugänglich ist. ::-)

Mephisto

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Re: SciFinder Anleitung (Recherche, Zugang, Installation)
« Antwort #5 am: 12. Oktober 2008, 12:43:47 »
Kannst du auch von Zuhause aus auf SciFinder zurückgreifen, indem du dich übers Internet im Intranet deiner Uni einlogst? Ich muss leider erst in die Bibliothek rennen, da bei uns der Scifinder nicht frei im Intranet zugänglich ist. ::-)

Man kann den SciFinder natürlich auch bequem von zu Hause benutzen, wenn man eine passende IP der Universität hat. Dazu musst Du meist eine VPN Verbindung zur Uni herstellen (siehe Frage 4). Näheres zur VPN-Verbindung zu Deiner Uni findest Du sicher auf der Seite Eures Rechenzentrums.

Was meinst Du damit, dass es im Intranet nicht verfügbar ist? Ist es auf den Intranet-Rechnern nicht installiert oder erhältst Du bei Programmstart die Fehlermeldung "Login Failed: SciFinder Scholar is not authorized for use from this network address."? Ist letzteres der Fall, kann es sein, dass für die Rechner in Eurer Bibliothek ein anderer IP-Bereich vergeben wird als im restlichen Intranet und der SciFinder entsprechend konfiguriert ist.
« Letzte Änderung: 13. Oktober 2008, 15:46:06 von Mephisto »
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